Prinsip kerja mesin protein bar terutama mencakup pemrosesan bahan baku, cetakan ekstrusi, pendinginan, pemotongan dan langkah pelapis. Pertama, bahan baku seperti protein kedelai, pemanis, pigmen dan rasa buah dicampur dalam proporsi tertentu, dan jumlah air yang tepat ditambahkan untuk diaduk dan dicampur untuk membentuk campuran dasar yang seragam. Kemudian, campuran dikirim ke ekstruder untuk pencetakan ekstrusi, yang merupakan langkah inti dari mesin bar protein. Di rongga ekstruder, bahan baku diekstrusi dan diputar untuk membentuk bentuk dan tekanan batang protein, memastikan bahwa produk akhir memiliki rasa dan stabilitas kualitas yang baik.
Bilah protein yang terbentuk perlu dipadatkan melalui terowongan pendingin untuk memastikan bahwa sirup dan zat lain di dalamnya sepenuhnya dipadatkan dan memberikan ketegasan yang cukup. Bilah protein yang didinginkan kemudian dipotong menjadi strip persegi panjang yang rapi oleh alat pemotong. Akhirnya, bilah protein potong melewati peralatan pelapis, dan permukaannya ditutupi dengan lapisan cokelat atau lapisan lain untuk membentuk produk akhir.